La primera edificación fortificada se construyó a principios del siglo XIII para proteger el territorio de Kintail. Desde el año 800 hasta 1266, gran parte de Escocia y las Hébridas Exteriores fueron víctimas de la invasión y colonización vikingas, y los castillos eran una pieza esencial para detener su avance. Desde mediados del siglo XIII, la zona formó parte del llamado reino del mar de los señores de las islas, una serie de gobernantes que se constituyeron en potencia naval.
Las dimensiones del castillo han variado a lo largo de los siglos, siendo mayor su extensión en época medieval, y reduciéndose a la quinta parte a finales del siglo XIV, probablemente por la imposibilidad de mantener un destacamento lo suficientemente grande para poder defenderlo.
Eilean Donan también tuvo un papel importante en los levantamientos jacobitas del siglo XVII y XVIII, que dejaron el castillo en ruinas. En 1719 un destacamento español de 46 soldados que apoyaban la causa jacobita tomó el castillo y construyó allí un polvorín. El gobierno inglés envió tres fragatas armadas que se dedicaron durante tres días a bombardear el castillo, pero sin mucho éxito debido a los gruesos muros. El capitán de la fragata Enterprise envió a tierra a sus hombres y consiguió derrotar a los españoles.Tras la rendición usaron los 343 barriles de pólvora que había en el polvorín para volar el castillo.
Durante casi dos siglos Eilean Donan estuvo en ruinas, hasta que el teniente coronel John MacRae-Gilstrap compró la isla en 1911 y decidió devolverle su antiguo esplendor. Durante dos décadas se dedicó a reconstruirlo guiándose por los planos de las etapas anteriores. Las obras terminaron en julio de 1932.
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